Німецький спеціаліст пішов у відставку після вильоту команди на груповій стадії чемпіонату світу в ПАР. Біля керма грецької збірної він став у 2001 році та виграв з нею ЄВРО-2004 в Португалії. Із Грецькою федерацією футболу 55-річний Сантуш підписав 2-річний контракт, через шість тижнів після свого звільнення з ПАОКа.
Колишній захисник "Бенфіки", "Марітіму" та "Ешторіла" розпочав свою тренерську кар'єру в останньому з цих клубів у 1987 році. Цікаво, що після завершення активних виступів, португалець 12 років взагалі не займався футбольною діяльністю. Він провів "Ешторіл" до еліти крізь два дивізіони, після чого тренував "Ештрелу Амадуру", а згодом "Порту". Із "драконами" Сантуш у першому ж сезоні-1998/99 виборов звання чемпіона Португалії та дістався чвертьфіналу Ліги чемпіонів УЄФА.
У 2001-му він переїхав до Греції, де очолив АЕК, а наступного року "Панатинаїкос". У сезоні-2003/04 тренер повернувся до Лісабона, щоб встати біля керма "Спортинга", але потім знову вирушив до АЕКа, з молодіжною командою якого посів третє місце в першості Греції. Наступний камбек до батьківщини Сантуш здійснив у кампанії-2006/07 - цього разу в "Бенфіку". Останні три роки він провів на чолі ПАОКа.
Греція розпочне кваліфікаційний турнір ЄВРО-2012 третього вересня. Вдома вона зіграє з Грузію. За путівку до України та Польщі, які прийматимуть фінальний турнір, у групі F також сперечатимуться команди Хорватії, Ізраїлю, Латвії та Мальти.